Ces dernières années, l'épigénétique, à savoir l’ensemble des modifications héritables de l'expression du génome et des processus héritables par voie non génétique, a émergé comme une discipline incontournable pour la compréhension des processus biologiques. Les avancées extraordinaires des techniques de séquençage permettent aujourd’hui l'analyse conjointe des génomes, épigénomes et transcriptomes dans toute leur complexité. Ces technologies sont devenues accessibles à des équipes qui n’utilisaient pas couramment la biologie moléculaire classique donnant ainsi un nouvel élan aux recherches qui visent à élucider les inter-relations entre gène-environnement-phénotype dans des processus d’adaptation et d'évolution. La découverte de l’épigénome, et la caractérisation de sa dynamique, sont en train de bouleverser profondément notre vision des mécanismes de l’hérédité et de l’adaptation. Comme ailleurs, l'épigénétique a énormément profité de la disponibilité d'organismes modèles. Nous pensons que le moment est venu de replacer non seulement l'ensemble des connaissances obtenues sur ces systèmes, souvent choisis pour des raisons de simplicité relative et d’accessibilité expérimentale, dans un contexte écologiquement réaliste, mais aussi de transférer ces connaissances vers le monde plus complexe des communautés d’espèces et de leurs interactions. Les chercheurs en écologie et en évolution partagent des concepts et des questions fondamentales. L’intégration de l’épigénétique à ces questions permettra des avancées théoriques importantes dans ces domaines. Elle nécessite cependant la maîtrise conceptuelle des mécanismes impliqués dans la régulation épigénétique et des techniques expérimentales nécessaires à leur analyse. Il est également indispensable d'enrichir les notions théoriques de l’épigénétique et de les confronter à des données de terrain. Pour ces raisons, l’objectif de RTP 3E est de rassembler l'expertise existant en France afin de créer des interactions fortes entre les équipes travaillant dans les domaines de l’écologie et de l’évolution et dans le domaine de l’épigénétique.