TD/TP bioinfo Techniques spécifiques à l’analyse ADN répétées et  ARNs « non-codants »

Cristina Vieira (Pr. Univ), Emmanuelle Lerat (CR1, CNRS)

Identification des répétitions dans les génome, espèces modèle et non modèle. Présentation d'outils et utilisation de DNApipeTE avec Galaxy. Quantification et analyse différentielle de petits ARN dans l'analyse de populations. Présentation d'outils et utilisation de TEcount avec Galaxy.

Attention: merci de venir avec un ordinateur portable avec carte WiFi (pas de tablettes style iPad) pour profiter des TP/TD bioinfo.

TP/TD bioinfo « Analyse et traitement des données (BS-Seq, Me-DIP, ChIP-Seq) »

Christoph Grunau (Pr. Univ. Perpignan), Clémentine Vitte (CR1 CNRS, GQE-Le Moulon)

One afternoon will be dedicated to a hands-on bioinformatic analysis of Chip-seq and bisulfite-seq data. Using a model dataset from animals and plants (provided on site), users will have to control the quality of the sequencing data, map the reads to a reference genome, analyze the read counts, and detect genomic regions that are differentially enriched between two samples.

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Conférence/débat « Aspects historiques et épistémologiques de l’épigénétique »

Francesca Merlin (CR2, CNRS-IHPST) & Antonine Nicoglou (PostDoc Labex “Who Am I?”, CRPMS & Institut Jacques Monod, IHPST)

Cette introduction historico-philosophique vise à bien marquer, d’une part, la différence qui doit être faite entre épigenèse et épigénétique et, d’autre part, le lien qui peut être fait entre la généalogie de l’épigénétique et les différentes traditions qui en découlent et la manière dont elle est conçue aujourd’hui. Nous montrerons ainsi comment l’opposition historique de l’épigénèse à d’autres courants théoriques, notamment le préformationnisme, s’incarne aussi dans la biologie du XXe siècle et en quel sens l’épigénétique d’aujourd’hui (qui s’est forgée depuis les années 1970) est un champ de recherche spécifique, autonome et indépendant des débats historiques autour de l’épigenèse et de ses alternatives. La conférence se déroulera en quatre temps. Tout d’abord, nous tracerons les grandes lignes de l’histoire de l’épigenèse, d’Aristote jusqu’à la fin du XIXe siècle. Ensuite, nous montrerons sous quelles formes les traditions du préformationnisme et de l’épigenèse s’incarnent et s’opposent encore au XXe siècle. En troisième lieu,  nous entrerons dans le vif du sujet, en analysant les conceptions contemporaines de l’épigénétique à partir des années 1970-80 jusqu’à aujourd’hui, en distinguant tout particulièrement les approches qui se concentrent sur la relation génétique et développement d’une part et celles qui se concentrent davantage sur le lien entre une “hérédité étendue” au delà de la seule information génétique et l’évolution d’autre part. Enfin, nous identifierons et discuterons les nouveaux problèmes et enjeux philosophiques soulevés par l’épigénétique aujourd’hui, en particulier dans les domaines de l’écologie et de l’évolution.

 

TD/TP « Techniques d’épigénétique moléculaire: quels outils pour quelles questions et quelle espèce»

Stéphane Maury (Pr. Univ), Marie Mirouze (CR2, IRD), Clémentine Vitte (CR1, CNRS)

Les techniques en épigénétique moléculaire ont émergé à l’échelle génomique dans les années 2000. La diversité de ces approches avec leur principe sera brièvement présentée. A partir de là, il sera envisagé une réflexion sur quels sont les outils adaptés en fonction des questions biologiques, des modèles d’étude et des contraintes matérielles et humaines. Afin de démystifier cette approche, une démonstration sera réalisée avec les participant sur une technique (McrBC/anticorps/BS + électrophorese, séquençage ; exemples récents MeDIP + WG BS, pipeline du choix).

 

Cours interactif « Bases épigénétiques de la plasticité et variabilité phénotypiques »

Stéphane Maury (Pr. Univ Orléans), Marie Mirouze (CR2, IRD) Clémentine Vitte (CR1, CNRS)

Les organismes vivants sont en permanence soumis à des variations de leur environnement (biotique et abiotique) qui peuvent devenir néfaste. Dans ce contexte, l’ensemble des phénotypes que peut prendre un génotype est appelé plasticité phénotypique. Ce processus se réalise en réponse à un changement de l’environnement au niveau de l’individu. Ces changements correspondent à la plasticité de l’individu, ils sont de nature physiologique ou/et épigénétique. Ces dernières années, les études dans le domaine de l’épigénétique chez divers organismes se sont intéressés à la plasticité et la variabilité phénotypiques. L’objectif de ce cours interactif sera de faire réfléchir les participants sur la démarche expérimentale qui permet d’impliquer l’épigénétique dans ces mécanismes et quelques exemples d’études. Le travail en petit groupe autour d’un sujet de recherche récente permettra d’approfondir les notions acquises en cours.