Laureats d'un bourse de mobilité RTP3E 2015
1) Judit Salces, UMR CNRS 5558:
Les éléments transposables sont essentielement regulé par des mecanismes épigénétiques. Chez la Drosophila cette régulation se fait essentiellement par des petits ARN de la famille des piRNA. Le stage de Judit Salces (post doc au LBBE) a comme objectif d'apprendre a fabriquer les banques de piRNA, méthodologie maitrisé à Montpellier, dans le laboratoire de Séverine Chambeyron (IGH)
2) Loris Pratx, Equipe Interactions Plantes Nématodes (IPN) - Institut Sophia Agrobiotech (ISA) - UMR 1355 INRA / Univ. Nice – Sophia Antipolis / 7254 CNRS:
La régulation de la transcription chez le nématode phytoparasite, Meloidogyne incognita, est-elle responsable des capacités d'adaptation à l’environnement changeant malgré l'absence de reproduction sexuée ? Analyse bio-informatique de données de séquençage après immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-seq avec l'anticorps anti histone-H3K4Me3) de différents stades de développement de M. incognita.
3) Elena Gomez-Dias, Emory University:
Epigenetics of Plasmodium-mosquito interactions. Consequences for virulence and transmission.
4) Antonine Nicoglou, IHPST (UMR 8590), LabEx "Who Am I?":
Epigenetique, hérédité et évolution. En rendant visite à Etienne Danchin au sein de son laboratoire, je pourrais approfondir ma connaissance de sa pratique de l'épigénétique et la manière dont les membres de son laboratoire travaillent au quotidien sur ce sujet. Je pourrais ainsi confronter les définitions théoriques énoncés dans les articles à la pratique scientifique du laboratoire. Durant ces trois jours nous avons prévu (avec Etienne Danchin et Francesca Merlin) d'avancer à la rédaction d'un article introductif sur l'épigénétique pour un numéro spécial de la revue Functional Biology.
5) Francesca Merlin, CNRS, IHPST (UMR 8590):
Epigenetique, hérédité et évolution. Visiter le laboratoire d'Etienne Danchin me permettra d'avancer dans mon analyse sur les implications de la prise en compte de formes d'hérédité dont le support n'est pas la séquence d'ADN (en ce sens, non-génétiques). Je focaliserai tout particulièrement mon attention sur la question de l'épigénétique et de son intégration dans la théorie de l'évolution, en analysant ses modes et tempos de transmission et ses interactions avec d'autres mécanismes (génétiques ou non) de transmission. Ces trois jours nous permettront non seulement de discuter ensemble de ces questions, mais d'avancer aussi, en collaboration avec Antonine Nicoglou, dans l'écriture d'un article introductif sur l'épigénétique pour un numéro spécial de la revue Functional Biology.
6) Anne-Laure Le Gac, LBLGC, Laboratoire de biologie des ligneux et grandes cultures, Orléans:
Discussion et mise en place d’un protocole permettant l’analyse des éléments transposables exprimés sur quatre échantillons de peupliers hypométhylés (RNAi DDM1). Analyse de données WGBS sur les peupliers hypométhylés par pipeline d'analyse Bismark-methylkit
7) Stéphane Maury, LBLGC, Laboratoire de biologie des ligneux et grandes cultures, Orléans:
Discussion et mise en place d’un protocole permettant l’analyse des éléments transposables exprimés sur quatre échantillons de peupliers hypométhylés (RNAi DDM1). Analyse de données WGBS sur les peupliers hypométhylés par pipeline d'analyse Bismark-methylkit
8) Arnaud Sentis, Université Toulouse III-Paul Sabatier. Laboratoire Evolution et Diversité Biologique :
Global Epigenetic Change: the importance of epigenetics for adaptation to environmental change: an experimental evolution approach with the pea aphid
9) Marie-Pierre Chapuis, UMR 55 (Centre de Biologie pour la Gestion des Populations) (CIRAD) :
Analyses bioinformatiques du génome complet de Locusta migratoria pour détecter les copies d’éléments transposables et analyser leur distribution et divergence, suivies de la formulation d'hypothèses et d'expérimentations quant au rôle des éléments transposables dans la régulation épigénétique du polyphénisme de phase"
10) Olivier Rey, University of Swansea :
Réflexion sur l'importance des mécanismes épigénétiques dans les réponses des organismes confrontés a de fortes pressions de sélection: focus sur les réponses des stocks piscicoles en réponse aux pratiques d'aquaculture intensive.